Скачать методичку

Компьютерный практикум по моделированию структуры белков по гомологии.

Задача данного практикума – познакомить участников с методом моделирования белковых структур по гомологии.

Моделирование белковых структур по гомологии применяется для получения структурной модели белка в отсутствие экспериментальных данных.

Суть метода: Информация для построения модели берётся из наилучшего гомолога с известной трёхмерной структурой. Качество гомолога определяется степенью идентичности белковых последовательностей. Для поиска лучших гомологов (шаблонов) применяется онлайн-программа BLAST. Затем проводится выравнивание аминокислотных последовательностей моделируемого белка и шаблона, а также пишется исполняемый файл для программы MODELLER. Исполняемый файл должен содержать обращение к файлу выравнивания и координатному файлу шаблона. Также в исполняемом файле можно указать метод оптимизации модели и оценку статистических потенциалов для отбора лучших моделей. Лучшие модели отбираются после запуска исполняемого файла на основании значения статистического потенциала (например, дискретно-оптимизированной энергии белка, DOPE).

Участники практикума смогут познакомиться с базой данных Protein Data Bank, структурой координатных файлов расширения .pdb, поиском гомологичных последовательностей на сервере BLAST, серверами для моделирования по гомологии (SWISSModel, Geno3D), программами-визуализаторами белковых структур (PyMol, DeepView) и программой MODELLER. Каждому участнику будет дана белковая последовательность для моделирования в программе MODELLER и на серверах SWISSModel и Geno3D.

Будет показана возможность оптимизации модели в программе MODELLER и оценки качества полученных моделей по значениям статистического потенциала DOPE (дискретно оптимизированной энергии белка).

Контактные данные для вопросов: Абдуллатыпов Азат Вадимович. e-mail: azatik888@yandex.ru